ИБЕИ-БАН осигурява научна информация, оказва методична помощ на държавните институции и структурите на гражданското общество, и представя страната в Европейското изследователско пространство в областите на неговата компетентност.
Приоритетни направления са:
- Структура и функциониране на биотичните съобщества, екосистемите и ландшафтите, както в съвременността, така и в миналото.
- Разнообразие на организмите и техните екологични и еволюционни взаимоотношения на всички равнища – от генетично и популационно до екосистемно.
- Произход, история на развитие и динамика на биотата и нейните компоненти – флора, микота и фауна.
- Научни основи на опазване на живата природа – разкриване застрашаващите фактори и разработка на методи за тяхното отстраняване или ограничаване.
- Подходи и методи за устойчиво управление на защитените природни обекти.
- Подходи и методи за устойчиво управление на биологичните ресурси, включително изучаване на ресурсното значение на видове и съобщества, неизползвани по-рано.
- Екология и биология на икономически и социално значими видове, включително подходи и методи за оценка, ограничаване на въздействието и регулиране числеността на видове-нашественици, вредители, паразити и други организми със значение за медицината, опазването на околната среда, селското стопанство, горското стопанство, рибовъдството, ловното стопанство, управлението на биоресурсите и други сфери на човешката дейност.
- Научни основи на оценката на екологичния риск, качеството на околната среда и въздействията върху нея; разработка на подходи и методи за оценка на състоянието на биоразнообразието, биомониторинг и системи за биобезопасност.
Институтът е добре оборудван със съвременна техника и лаборатории за провеждане на разнообразни флористични, фаунистични и екологични проучвания – химична, фитохимична, генетична, кариологична, биотехнологична, паразитологична, лаборатории по светлинна микроскопия и екологична микробиология, ГИС-център. Институтът разполага с няколко изследователски полеви станции, разположени в Биосферен резерват „Сребърна“, резерват „Калимок“, Созопол, резерват „Атанасовско езеро“, местността Беглика, Биосферен резерват „Парангалица“, Плана планина.